A depender da versão do linux, o arquivo my.cnf pode estar localizado em pastas diferentes.
Executando o comando abaixo na linha de comando o terminal irá exibir a localização do arquivo mencionado:
[code]mysql –help | grep "Default options" -A 1 [/code]
Será exibido o resultado como mostrado abaixo:
[code]
Default options are read from the following files in the given order:
/etc/my.cnf /etc/mysql/my.cnf /usr/etc/my.cnf ~/.my.cnf
[/code]
caso nenhum dos arquivos exista, você pode criar um no local informado com as configurações desejadas. Não se esqueça de reinicializar o servidor MySQL após realizar qualquer alteração.
[code]
sudo service mysqld restart
sudo /etc/init.d/mysqld restart
[/code]