Qual a diferença entre arquivos .com e .exe?

Para que um programa seja executável, um carregador deve ser utilizado. O carregador na maioria das vezes faz parte do Sistema Operacional. Eles são responsáveis em copiar os dados binários do arquivo para a memória para que estes dados seja lidos.

Os carregadores podem ser de dois tipos:

Absolutos: O aplicativo que usa carregadores absolutos é associado com localizações específicas de memória, e por isso deve sempre ser carregado na mesma área de memória (.COM)

Realocáveis: O programa executável relocável é semelhante ao programa executável absoluto, exceto que os endereços são todos relativos a zero (não são absolutos) – O inicio da memória é marcado pelo registrador base, e o fim pelo registrador limite (.EXE)